Tại kết luận điều tra sai phạm trong vụ Việt Á, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã chỉ ra những nguyên nhân, điều kiện dẫn đến hành vi phạm tội.
Cụ thể, theo Cơ quan điều tra, Bộ KH&CN buông lỏng, thiếu kiểm tra giám sát trong việc thực hiện đề tài nghiên cứu khoa học, đặc biệt là đề tài nghiên cứu khoa học cấp quốc gia, trong các khâu: Phê duyệt nhiệm vụ, phê duyệt tổ chức chủ trì, cá nhân chủ nhiệm, đơn vị phối hợp; kinh phí, theo dõi sử dụng và thanh toán kinh phí; quản lý thực hiện Đề tài, xử lý kết quả thực hiện Đề tài...
Nội dung thuyết minh đề tài nghiên cứu khoa học không đầy đủ, không có thông tin về quyền, nghĩa vụ của Bộ KH&CN, Học viện Quân y, Công ty Việt Á; phương pháp phối hợp giữa Học viện Quân y và Công ty Việt Á; phương pháp chuyển giao kết quả nghiên cứu, quyền sở hữu trí tuệ.
Bộ Y tế đã thiếu kiểm tra, giám sát đối với công tác quản lý Nhà nước về sinh phẩm y tế, hiệp thương giá, kiểm tra giá hiệp thương; không quy định rõ nhiệm vụ, trách nhiệm của các cá nhân trong hiệp thương giá, thời hạn ban hành kết luận kiểm tra giá.
Do việc buông lỏng, thiếu kiểm tra giám sát tại Bộ KH&CN và Bộ Y tế nêu trên dẫn đến Phan Quốc Việt (Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Việt Á) lợi dụng, thông đồng móc ngoặc với lãnh đạo, cán bộ Bộ KH&CN, Bộ Y tế để Công ty Việt Á được Bộ KH&CN phê duyệt tham gia nghiên cứu đề tài, sử dụng kết quả nghiên cứu lập hồ sơ đăng ký, được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành tạm thời, chính thức kit xét nghiệm, biến kit xét nghiệm từ sản phẩm nghiên cứu thuộc sở hữu Nhà nước do Bộ KH&CN quản lý thành tài sản thuộc sở hữu của Công ty Việt Á, trái quy định pháp luật.
Khi Công ty Việt Á sản xuất thương mại, bán kit xét nghiệm cho Bộ Y tế, Phan Quốc Việt đã nâng khống cơ cấu đơn giá nhưng vẫn được Bộ Y tế hiệp thương, xác định giá 470.000 đồng/kit test không có căn cứ.
Khi Bộ Y tế kiểm tra giá hiệp thương, xác định Công ty Việt Á thay đổi nguyên vật liệu sản xuất so với hồ sơ đăng ký lưu hành nhưng không ra kết luận kiểm tra, không kiến nghị biện pháp xử lý, dẫn đến Công ty Việt Á tiếp tục sử dụng giá hiệp thương với Bộ Y tế đã được Phan Quốc Việt nâng khống, tạo mặt bằng giá để bán cho các đơn vị, địa phương, thu lời bất chính, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng tài sản Nhà nước, tổ chức, cá nhân.
Tại các đơn vị, địa phương để xảy ra sai phạm trong quá trình Công ty Việt Á tiêu thụ kit xét nghiệm, vật tư, sinh phẩm y tế chưa kịp thời phân bổ dự toán ngân sách thực hiện; trình độ chuyên môn của đội ngũ cán bộ về đấu thầu, mua sắm thiết bị, vật tư, sinh phẩm y tế còn hạn chế, nhất là trong các trường hợp thiên tai, dịch bệnh, địch họa.
Từ nguyên nhân trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an kiến nghị Bộ KH&CN và Bộ Y tế cần nâng cao năng lực kiểm soát quyền lực của người đứng đầu, kiểm soát hoạt động của các cơ quan chuyên môn về quản lý nhiệm vụ khoa học và công nghệ, quản lý sinh phẩm y tế, đảm báo khách quan, minh bạch, đúng pháp luật.
Bộ KH&CN rà soát cơ cấu tổ chức và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến lĩnh vực khoa học và công nghệ để chủ động hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền điều chỉnh, sửa đổi cho thống nhất, đúng quy phạm pháp luật theo hướng có cơ quan chuyên trách quản lý nhiệm vụ khoa học và công nghệ; đồng thời, tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi sai phạm trong thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ.
Bộ Y tế tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi sai phạm trong công tác cấp số đăng ký lưu hành sinh phẩm y tế; phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan, đơn vị liên quan có biện pháp quản lý giá đối với các vật tư y tế, sinh phẩm xét nghiệm.
Bộ Kế hoạch & Đầu tư và các Bộ, ngành có liên quan chủ động hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền hướng dẫn việc thực hiện chỉ định thầu rút gọn trong các trường hợp thiên tai, dịch bệnh, địch họa..., đặc biệt là đối với các gói thầu có giá trị lớn, chưa được phân bổ dự toán ngân sách thực hiện, việc hướng dẫn xác định giá trị hợp đồng, thương thảo hợp đồng.
UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cần chủ động kiểm tra, rà soát, chấn chỉnh hoạt động của các đơn vị, cơ sở y tế công lập trong hoạt động đấu thầu, mua sắm thiết bị, vật tư y tế; đào tạo, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ về mua sắm, đấu thầu cho cán bộ các đơn vị, cơ sở y tế, phòng ngừa các vi phạm, tội phạm.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an kiến nghị Bộ Tài chính xem xét xử lý hành chính đối với công ty thẩm định giá có sai phạm đã kết luận trong vụ án, đình chỉ kinh doanh, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ thẩm định giá...
Ngoài các bị can đã khởi tố và đề nghị truy tố, còn có một số cá nhân có hành vi, vi phạm liên quan ở các mức độ khác nhau; có cá nhân hoặc hành vi không cấu thành tội phạm hoặc chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự hoặc chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự. Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an kết luận và có văn bản kiến nghị các cơ quan chủ quản xử lý nghiêm theo các quy định của Đảng và chính quyền.