Ở giai đoạn 1 vụ án “chuyến bay giải cứu”, ông Phạm Trung Kiên (cựu thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) bị xác định là người nhận hối lộ nhiều nhất, với số tiền lên tới hơn 42,6 tỷ đồng. Tại phiên tòa sơ thẩm, vị đại diện VKS từng nhận định, bị cáo Kiên đã thực hiện hành vi phạm tội một cách trắng trợn.
Ở giai đoạn 2 vụ án, cái tên Phạm Trung Kiên một lần nữa được nhắc đến do dính líu đến hành vi đưa hối lộ khi tổ chức đưa công dân (khách lẻ) về nước tại Bộ Y tế.
Theo kết luận điều tra, tháng 9/2020, ông Vũ Hồng Quang (nguyên Phó phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ GTVT) đã liên hệ, trao đổi nhờ ông Phạm Trung Kiên giúp để có được văn bản chấp thuận của Ban Chỉ đạo phòng chống Covid-19 cho công dân được về nước trên các chuyến bay đơn lẻ. Ông Phạm Trung Kiên đồng ý và thỏa thuận chi phí 10 triệu đồng/công dân.
Sau đó, ông Quang đã trao đổi với ông Nguyễn Mạnh Cương (Trưởng phòng Thương mại điện tử, Công ty cổ phần thương mại hàng không Vietjet) và Vũ Hoàng Dũng (lao động tự do) biết việc mình có thể xin được văn bản cấp phép cho công dân về nước trên chuyến bay đơn lẻ với mức phí từ 2.000- 3.000 USD/công dân.
Ông Cương và Dũng trao đổi với một số giám đốc doanh nghiệp để tập hợp hồ sơ các công dân có nhu cầu xin về nước và thỏa thuận chi phí chênh lên từ 100 - 500 USD/công dân (so với chi phí mà ông Quang yêu cầu) để hưởng lợi.
Tương tự, các giám đốc doanh nghiệp đã tập hợp hồ sơ từ công dân và thỏa thuận chi phí chênh lên từ 100 - 500 USD/công dân để hưởng lợi…
Đến tháng 1/2021, ông Trần Thanh Nhã (lao động tự do) liên hệ, trao đổi, thỏa thuận nhờ ông Phạm Trung Kiên giúp để có văn bản chấp thuận của Ban Chỉ đạo cho công dân được về nước trên chuyến bay đơn lẻ với chi phí 10 – 15 triệu đồng/công dân.
Ông Nhã đã trao đổi với ông Đặng Nhật Đức (Giám đốc Công ty TNHH Top Agent Japan) biết việc mình có thể xin được văn bản cấp phép cho công dân về nước với mức phí từ 10 – 35 triệu đồng/công dân. Và ông Đức đã trực tiếp nhận hồ sơ của công dân hoặc thông qua một số người khác và thỏa thuận chi phí từ 25 – 160 triệu đồng/công dân…
Sau khi thỏa thuận như trên và nhận được thông tin công dân có nhu cầu về nước từ ông Vũ Hồng Quang, Trần Thanh Nhã, từ cuối năm 2020 đến tháng 6/2021, cựu thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế chuyển thông tin, hồ sơ đến Cục Y tế dự phòng để tham mưu, đề xuất lãnh đạo duyệt, ký văn bản theo quy trình của Bộ Y tế.
Theo CQĐT, ông Phạm Trung Kiên đã tự thực hiện hoặc chuyển mẫu tờ trình và dự thảo văn bản cấp phép cho ông Quang để ông này hoàn thiện, sau đó chuyển lại cho ông Kiên. Ông Phạm Trung Kiên in tờ trình, kèm dự thảo văn bản cấp phép trình trực tiếp lãnh đạo duyệt, ký văn bản cấp phép.
Khi có văn bản chấp thuận, ông Phạm Trung Kiên chụp ảnh gửi cho Vũ Hồng Quang, Trần Thanh Nhã để Quang, Nhã gửi các bị can phía dưới chuyển cho công dân qua ứng dụng Zalo, Viber.
CQĐT xác định, bị can Vũ Hồng Quang đã thỏa thuận và đưa hối lộ cho ông Phạm Trung Kiên 10 triệu đồng/công dân để có được văn bản chấp thuận cho công dân về nước. Tổng cộng, ông Quang đã đưa hối lộ số tiền hơn 7,4 tỷ đồng cho ông Phạm Trung Kiên để có được văn bản chấp thuận cho 624 công dân về nước. Bản thân ông Quang hưởng lợi gần 20 tỷ đồng.
Ông Trần Thanh Nhã đã thỏa thuận và đưa hối lộ cho Phạm Trung Kiên từ 10- 15 triệu đồng/công dân để có được văn bản chấp thuận cho công dân về nước. Tổng cộng, ông Nhã đã đưa hối lộ số gần 7,4 tỷ đồng cho ông Kiên để có được văn bản chấp thuận cho 461 công dân về nước, hưởng lợi hơn 8,2 tỷ đồng.
CQĐT cho rằng, ông Phạm Trung Kiên đã bị truy tố, xét xử trong vụ án ở giai đoạn 1 về hành vi nhận hối lộ số tiền hơn 14,8 tỷ đồng từ ông Vũ Hồng Quang và Trần Thanh Nhã nên không xem xét, xử lý trong vụ án này.
Trong vụ án này, ông Vũ Hồng Quang và Trần Thanh Nhã bị đề nghị truy tố tội Đưa hối lộ. Hồi cuối tháng 7/2023, TAND TP Hà Nội tuyên phạt ông Phạm Trung Kiên mức án tù chung thân vì tội Nhận hối lộ. Cuối tháng 12/2023, TAND Cấp cao tại Hà Nội không chấp nhận kháng cáo của ông Kiên và tuyên y án sơ thẩm đối với bị cáo.