Phần mềm liên thông thủ tục liên quan đến đăng ký khai sinh, đăng ký khai tử bị lỗi, chậm, nhiều tính năng cần chỉnh sửa. Hạ tầng kỹ thuật mạng ở một số địa phương chưa ổn định, thường gặp lỗi.
Sau 1 tháng thí điểm, Hà Nội đã cấp gần 5.500 bản điện tử giấy khai sinh, trích lục khai tử thực hiện liên thông thủ tục hành chính, nhưng quy trình còn phức tạp, nhiều thông tin còn thủ công,…