Theo kết luận thanh tra, Công ty Cổ phần mía đường La Ngà tiền thân là Xí nghiệp liên hợp công nông nghiệp mía đường La Ngà, trên cơ sở hợp nhất 3 đơn vị.
Năm 2000, Thủ tướng ban hành quyết định chuyển Công ty mía đường La Ngà thành công ty và hoạt động theo hình thức công ty cổ phần.
Công ty Cổ phần mía đường La Ngà được giao quản lý hơn 4.224 ha đất trên địa bàn huyện Định Quán và huyện Xuân Lộc để trồng mía, sản xuất đường, làm phân bón vi sinh.
Tuy nhiên, công ty chỉ trực tiếp sử dụng một phần, phần lớn diện tích đất giao khoán cho hộ gia đình, cá nhân sử dụng và thiếu kiểm tra. Việc quản lý lỏng lẻo dẫn đến phần lớn người dân nhận khoán đã tự chuyển đổi mục đích sử dụng, chuyển đổi cây trồng.
Việc quản lý lỏng lẻo dẫn đến nhiều người dân nhận khoán đã tự chuyển đổi mục đích sử dụng, chuyển đổi cây trồng. Một phần diện tích khoảng 268 ha, công ty để cho cán bộ, nhân viên tự ý làm nhà ở, chuồng trại, trong đó nhiều trường hợp đã kê khai, đăng ký và được UBND huyện Định Quán cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; có 334 ha đất bị lấn, chiếm; 98 ha đất chưa sử dụng.
Tính đến tháng 4/2023, UBND huyện Định Quán đã ký cấp 380 GCNQSDĐ/407 thửa/70.3 ha cho các hộ gia đình, cá nhân tại ấp 7 xã Phú Ngọc và xã La Ngà thuộc trong ranh giới khu đất của Công ty Cổ phần mía đường La Ngà.
Sai sót trên thuộc trách nhiệm của UBND xã Phú Ngọc, Văn phòng Đăng ký đất đai chi nhánh huyện Định Quán, Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Định Quán, UBND huyện Định Quán.
Tại khu đất ở xã Suối Cao và xã Xuân Bắc (huyện Xuân Lộc), hiện trạng có một phần đất được sử dụng làm vườn ươm và phần còn lại để đất trống, không sử dụng.
Trong đó có khoảng 4 ha đất tại xã Xuân Bắc đang tranh chấp với cá nhân nhận giao khoán đất (cá nhân nhận khoán đất hiện đang trồng tràm).
Cũng theo kết luận thanh tra, công ty không thực hiện thanh lý hợp đồng với người nhận khoán trước khi ký lại hợp đồng mới là không đúng với nội dung của hợp đồng giao khoán. Dẫn đến trên cùng một diện tích giao khoán hoặc cùng đối tượng giao khoán có 2 dạng hợp đồng còn hiệu lực.
Sau khi các hợp đồng giao khoán theo Nghị định số 135/2005 của Chính phủ được chuyển đổi sang thực hiện theo hình thức hợp đồng liên kết (từ sau năm 2018), chỉ thực hiện 544ha/3.173 ha đất đã giao khoán theo Nghị định số 135/2005, đạt 17,1% diện tích đất đủ điều kiện giao khoán.
Các hộ dân nhận khoán không thanh lý hợp đồng giao khoán để ký lại hợp đồng giao khoán mới.
Từ khi công ty tạm dừng hoạt động do thực hiện theo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 3474 ngày 23/9/2020 của Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai, đến thời điểm thực hiện thanh tra, toàn bộ các hộ dân nhận khoán đất trồng mía của Công ty không còn thực hiện trồng mía theo hợp đồng, chuyển đổi sang trồng cây khác như: Keo, mì, điều… Tuy nhiên, công ty không lập hồ sơ đối với việc tự ý thay đổi loại cây trồng này của người dân nhận khoán…
Cuối tháng 4, Đoàn Thanh tra tỉnh Đồng Nai kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh chuyển hồ sơ vụ việc có dấu hiệu tội phạm liên quan đến sai phạm đất đai tại Công ty Cổ phần mía đường La Ngà sang Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đồng Nai.
Tháng 5, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai có văn bản gửi Cơ quan CSĐT liên quan đến những sai phạm trong quản lý đất đai tại công ty này. Đến tháng 6 - 7, đoàn thanh tra cùng Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đồng Nai đã bàn giao và tiếp nhận hồ sơ vụ việc.