Theo đó, Chính phủ đề xuất chuyển Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Quốc gia TPHCM về Bộ GD&ĐT để quản lý. Đồng thời, giao 2 đại học quốc gia đề xuất phương án sắp xếp, cơ cấu lại và giảm mạnh tổ chức bên trong.
Đối với 2 Viện Hàn lâm, Chính phủ đưa ra 2 phương án. Trong đó phương án 1: Hợp nhất Viện Hàn lâm Khoa học xã hội với Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ thành Viện Hàn lâm Khoa học Việt Nam. Phương án 2: Duy trì 2 Viện Hàn lâm nhưng thực hiện sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy và biên chế, bảo đảm nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động, đáp ứng yêu cầu của Chiến lược phát triển khoa học và công nghệ Việt Nam.
Năm 1993, Chính phủ tổ chức lại 3 trường đại học hiện có tại Hà Nội là trường Đại học Tổng hợp (nay là trường Đại học KHXH&NV, trường Đại học Khoa học Tự nhiên), trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ (nay là trường Đại học Ngoại ngữ) và trường Đại học Sư phạm Hà Nội I (cũ) thành cơ sở giáo dục lấy tên là Đại học Quốc gia Hà Nội. Hiện đại học này có 9 trường đại học, 3 trường và 1 khoa trực thuộc. Cùng với đó là 6 viện nghiên cứu, trung tâm, 15 đơn vị phục vụ, dịch vụ, 8 đơn vị khác.
Đại học Quốc gia TP.HCM ban đầu được thành lập vào ngày 27/1/1995 trên cơ sở sắp xếp lại 9 trường đại học trên địa bàn thành phố nhưng chính thức ra mắt vào ngày 6/2/1996. Đến nay, đại học này là một trong những cơ sở giáo dục lớn nhất Việt Nam với 36 đơn vị, trong đó có 8 trường đại học thành viên, 1 viện nghiên cứu khoa học thành viên, 1 phân hiệu tại tỉnh Bến Tre và 25 đơn vị trực thuộc là các tổ chức khoa học và công nghệ, thư viện, các tổ chức phục vụ đào tạo, dịch vụ.
Hai đại học quốc gia đang hoạt động theo cơ chế đặc thù. Hằng năm được Chính phủ giao các chỉ tiêu, kế hoạch; có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình Quốc huy. Giám đốc, các Phó Giám đốc và Chủ tịch Hội đồng Đại học do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm.
Các đại học vùng hoặc các học viện, trường đại học đều do Bộ GD&ĐT hoặc Bộ, ngành quản lý bổ nhiệm, miễn nhiệm giám đốc, phó giám đốc, hiệu trưởng, phó hiệu trưởng và chủ tịch hội đồng đại học/học viện/trường.
Đại học quốc gia đang hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao; được làm việc trực tiếp với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về những vấn đề liên quan đến hoạt động và phát triển của đại học.
