Trong vụ án này, các bị can Nguyễn Việt Hùng (nguyên phó cục trưởng Cục Quản lý dược Bộ Y tế), Phạm Hồng Châu (nguyên trưởng Phòng đăng ký thuốc Cục Quản lý dược) và Lê Đình Thanh (công chức Cục Hải quan TPHCM) bị đề nghị truy tố về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng. Riêng Nguyễn Thị Thu Thủy (phó trưởng Phòng Quản lý giá thuốc Cục Quản lý dược) bị đề nghị truy tố về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Cơ quan điều tra còn xác định, Nguyễn Lê Xuân Khang là đối tượng chủ mưu, cầm đầu, nhưng đã bỏ trốn và xuất cảnh khỏi Việt Nam vào ngày 16-7-2014, hiện chưa có thông tin nhập cảnh. Đến nay, Cơ quan ANĐT đang truy nã quốc tế đối với Khang và yêu cầu Bộ Tư pháp Canada dẫn độ đối tượng này, nhưng chưa có hồi đáp.
Quá trình điều tra bổ sung vụ án, cơ quan điều tra vẫn chưa bắt được Khang. Do đó, Bộ Công an sẽ tiếp tục thực hiện yêu cầu điều tra của Viện KSND Tối cao, sau khi bắt được đối tượng này. Theo Cơ quan ANĐT, đây là vụ án có tính chất đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp, liên quan đến nhiều cơ quan, ban, ngành từ trung ương đến địa phương, nhiều công ty kinh doanh dược phẩm trong và ngoài nước; được dư luận xã hội đặc biệt quan tâm.
Kết luận điều tra xác định, bị can Nguyễn Minh Hùng đã trực tiếp thỏa thuận với Võ Mạnh Cường để mua 838.000 hộp, 4 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada giả về nguồn gốc, xuất xứ (trị giá hơn 54 tỷ đồng) để nhập khẩu vào Việt Nam tiêu thụ. Hai bị can này thống nhất chỉnh sửa thông tin, giá thuốc trên hóa đơn, giấy tờ để phù hợp với giá thuốc đã nâng khống trên các hợp đồng giữa ký với phía Aust Hong Kong.
Các bị can còn chỉnh sửa logo của Helix thành logo của Health 2000, nhằm mục đích thay đổi nguồn gốc, xuất xứ thành thuốc do Health 2000 sản xuất, phù hợp với visa mà Cục Quản lý dược đã cấp. Sau khi nhập khẩu, thông quan 838.000 hộp, 4 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada, Công ty VN Pharma đã bán cho các doanh nghiệp, bệnh viện, nhà thuốc, tổng cộng gần 624.000 hộp, với tổng số tiền gần 52 tỷ đồng.
Kết quả tương trợ tư pháp do Canada cung cấp xác định, Health 2000 không có nhà máy sản xuất thuốc tại Canada và không sản xuất bất kỳ loại dược phẩm nào. Health 2000 cũng không có văn phòng đại diện tại Việt Nam. Các cơ quan chức năng của Canada khẳng định, không cấp bất kỳ giấy phép sản xuất thuốc nào cho nhà máy của Health 2000. Do đó, cơ quan điều tra kết luận, hơn 838.000 hộp, 4 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada do Công ty VN Pharma nhập khẩu không phải do Health 2000 sản xuất, giả về nguồn gốc, xuất xứ và là hàng giả.
Theo kết luận điều tra, ngày 16-5-2010, Cục Quản lý dược tiếp nhận hồ sơ xin cấp đăng ký số 2 loại thuốc có nhãn mác Health 2000 Canada sản xuất. Sau khi thẩm định hồ sơ, Tiểu ban Pháp chế (trong đó có bị can Nguyễn Thị Thu Thủy) đã đánh giá 2 loại thuốc này không đạt yêu cầu và đề xuất không cấp số đăng ký. Tuy nhiên, sau đó hồ sơ 2 loại thuốc này đã được đưa thêm vào trái quy định một số tài liệu để khắc phục các lỗi do tổ thẩm định đưa ra. Bị can Thủy đã thẩm định lại hồ sơ, xóa ý kiến ban đầu của Tiểu ban Pháp chế, thay đổi từ "không cấp số đăng ký” thành "bổ sung hồ sơ”.
Còn Nguyễn Việt Hùng là phó cục trưởng Cục Quản lý dược, đã thiếu trách nhiệm, không kiểm tra, rà soát kỹ biên bản thẩm định, đồng ý đưa 2 loại thuốc trên ra Hội đồng xét duyệt cấp số đăng ký. Hành vi của bị can này vi phạm quy chế hoạt động của Hội đồng xét duyệt, dẫn đến việc 2 loại thuốc này được cấp số đăng ký, trong khi hồ sơ không đảm bảo theo quy định.
Công ty VN Pharma đã sử dụng số đăng ký của 2 loại thuốc này để nhập khẩu thuốc giả nguồn gốc, xuất xứ vào Việt Nam tiêu thụ, gây hậu quả thiệt hại về tài sản hơn 50 tỷ đồng. Hành vi của Nguyễn Việt Hùng đã phạm vào tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
