Theo quyết định, Khu kinh tế Vân Phong có diện tích 150.000 ha, trong đó diện tích phần mặt nước khoảng 80.000 ha, phần đất liền và đảo khoảng 70.000 ha thuộc 2 huyện Vạn Ninh và Ninh Hòa.
Mục tiêu của quy hoạch nhằm xây dựng Khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế năng động phát triển ngành nghề mới, trình độ cao, trở thành vùng động lực phát triển, đô thị thông minh, bền vững, bản sắc và kết nối quốc tế; là trung tâm dịch vụ, du lịch biển quốc tế; là một cực tăng trưởng, trung tâm của khu vực duyên hải Nam Trung Bộ, Tây Nguyên về kinh tế biển, công nghiệp công nghệ cao, khoa học và công nghệ, đổi mới sáng tạo, đào tạo nguồn nhân lực và chăm sóc sức khỏe chất lượng cao.
Vịnh Vân Phong, Khánh Hòa là vịnh biển kín gió, nước sâu.
Xây dựng Khu kinh tế Vân Phong theo mô hình phát triển thân thiện môi trường, khai thác hiệu quả tiềm năng khác biệt, cơ hội nổi trội, thu hút mạnh các nguồn lực đầu tư, tích cực thu hút và quy tụ nguồn lực sáng tạo, phương thức quản lý mới, tiên tiến; nuôi dưỡng động lực mới cho phát triển.
Khu kinh tế Vân Phong là khu kinh tế tổng hợp đa ngành, đa lĩnh vực có vai trò đầu tàu thu hút đầu tư và là động lực phát triển kinh tế cho các vùng lân cận và cho cả nước. Trong đó kinh tế biển là nền tảng có cảng trung chuyển container quốc tế và dịch vụ logistic, đô thị, dịch vụ, du lịch, công nghiệp giữ vai trò quan trọng, kết hợp phát triển các ngành kinh tế khác.
Đến năm 2050 đưa Khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế năng động, thông minh, bền vững, bản sắc, có sự gắn kết giữa phát triển kinh tế - xã hội với bảo đảm quốc phòng, an ninh; là khu vực đáng sống, nơi nhân dân có mức sống cao và hạnh phúc; là một khu kinh tế có tính cạnh tranh cao.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu phân tích đánh giá các định hướng chiến lược của quốc gia và tỉnh Khánh Hòa đối với khu vực Vân Phong nhằm khai thác phát triển tối ưu các quỹ đất, tiềm năng phát triển từng khu vực; đề xuất các khu chức năng, hạ tầng xã hội và hạ tầng kỹ thuật hợp lý cho khu kinh tế.
