Theo Kết luận điều tra của Cơ quan An ninh điều tra - Bộ Công an, Lê Hồng Sơn đã bàn bạc, thống nhất cùng Nguyễn Thị Thanh Hằng (nguyên Phó Tổng Giám đốc công ty Bluesky) móc nối, đưa hối lộ cho các bị can có thẩm quyền hơn 38,5 tỷ đồng để xin giấy phép thực hiện 109 chuyến bay combo.
Ngoài ra, Lê Hồng Sơn và Nguyễn Thị Thanh Hằng được xác định đưa 2,65 triệu USD (tương đương 61,6 tỷ đồng) cho Nguyễn Anh Tuấn (cựu Phó giám đốc Công an TP Hà Nội) để Hằng và Sơn không bị khởi tố hình sự.
Đáng chú ý, giai đoạn từ tháng 3 đến tháng 7/2022, bị can Hoàng Văn Hưng đã hỏi Hằng "Có quyết tâm cứu Sơn không?". Sau đó, Hưng hướng dẫn cho Hằng và Sơn cách khai báo gian dối với cơ quan điều tra. Theo đó, Sơn chỉ đi cùng Hằng gặp cán bộ Văn phòng Chính phủ. Khi Hằng đưa hối lộ thì Sơn có nhìn thấy túi quà nhưng không biết bên trong là gì.
Sau khi bị điều chuyển sang vị trí khác, Hưng tiếp tục can thiệp vào việc "cứu Sơn". Tuy nhiên, dù đã chi hối lộ tổng cộng 2,65 triệu USD (tương đương 61,6 tỷ đồng) để không bị xử lý hình sự, nhưng đến ngày 8/12/2022 Sơn vẫn bị bắt. Đến tháng 3/2023 thì đến lượt Nguyễn Thị Thanh Hằng bị khởi tố.
Cơ quan điều tra xác định, hành vi của Lê Hồng Sơn phạm vào tội "Đưa hối lộ" với tổng số tiền đưa hối lộ là hơn 100,2 tỷ đồng, cao nhất trong vụ án "chuyến bay giải cứu". Hành vi của Nguyễn Thị Thanh Hằng được xác định là vai trò đồng phạm với Lê Hồng Sơn.