Tổng cục Thuế, nhiều Cục Thuế thực hiện chưa đúng quy định, thiếu kiểm tra, giám sát dẫn đến nhiều thương nhân đầu mối xăng dầu nợ thuế bảo vệ môi trường hàng nghìn tỷ đồng trong nhiều kỳ, nhiều năm.
Các doanh nghiệp bán xăng dầu chỉ "thu hộ" tiền thuế bảo vệ môi trường xăng dầu để nộp vào ngân sách. Nhưng không ít doanh nghiệp thu hộ xong lại chây ì giữ lại, không nộp ngân sách khoản tiền thuế này.