Các nghi lễ tôn giáo cổ xưa được thực hành ở đây rất khác thường và nó cũng là một địa điểm của một tôn giáo bí ẩn. Samothrace là nơi cung cấp cái nhìn độc đáo đầy kì bí về nền văn minh Hy Lạp.
Có vẻ như đã có những ngôi đền ở đây từ rất sớm và hòn đảo này được nhắc đến bởi nhà thơ Hy Lạp Homer, sinh vào khoảng giữa thế kỷ XII và VIII trước Công nguyên.
Hòn đảo gần Thrace cổ đại, chịu ảnh hưởng của nhiều nền văn hóa khác. Nhiều vị thần được thờ ở đây là các vị thần của mặt đất và dưới lòng đất. Mặc dù không có bằng chứng thuyết phục xác định tất cả các vị thần được tôn vinh, nhưng chúng khác với các vị thần Olympus được thờ ở những nơi khác ở Hy Lạp. Những gì được biết là một Người mẹ vĩ đại được tôn thờ và đồng nhất với các nữ thần khác bao gồm cả một nữ thần mẹ thành Troy.
Hai trong số các vị thần được tôn kính tại Samothrace là Axiokersos và Axiokersa, các vị thần sinh sản, đôi khi được đồng nhất với Hades và Persephone.
Rất có thể các đền thờ không chỉ là nơi thờ cúng của người Hy Lạp mà còn là nơi linh thiêng đối với các nền văn hóa khác, có thể là lý do cho nhiều tôn giáo bất thường được tổ chức ở đây.
Bất cứ ai cũng có thể thờ phượng tại Samothrace sau khi tuân theo mệnh lệnh của một nữ tư tế chính hoặc nữ tiên tri được gọi là Sibyl, một người phụ nữ trong thời cổ đại được cho là đã nói ra những lời tiên tri của một vị thần.
Một lễ hội thường niên được tổ chức hàng năm với một câu chuyện ngụ ngôn thiêng liêng về cuộc hành trình của linh hồn đến thế giới bên kia. Không giống như các tôn giáo bí ẩn khác vốn theo chủ nghĩa tinh hoa, điều này được mở cho tất cả mọi người không phân biệt sắc tộc.
Tôn giáo bí ẩn được thực hành tại địa điểm này đã cung cấp cho các đồng tu những kiến thức bí mật giúp họ nhận được sự ưu ái của các vị thần và thậm chí là sự cứu rỗi. Tuy nhiên, có rất ít thông tin được biết về giáo phái cổ xưa này. Trong số những người khởi xướng nổi tiếng có sử gia Herodotus, người đã để lại một vài manh mối về bản chất của những bí ẩn.
Khu phức hợp đền thờ ở Samothrace, được gọi là Thánh địa của các vị thần vĩ đại, là một thực thể chính trị tự quản và độc lập với thành phố Paleopoli gần đó. Nó thậm chí còn cử đại sứ của mình đến các thành phố khác ở Hy Lạp.
Vào thời kỳ Hy Lạp hóa, nhiều vị vua Macedonia khác nhau đã bảo trợ các ngôi đền ở Samothrace. Họ đã chi tiêu xa hoa cho và nó đã mở rộng đáng kể trong thời kỳ Hy Lạp hóa. Theo một số nhà sử học, nó đã trở thành một đền thờ quốc gia của Macedonia.
Hòn đảo cũng là thành trì cuối cùng của Perseus sau khi ông bị người La Mã đánh bại vào thế kỷ thứ II sau Công nguyên. Các khu bảo tồn và đền thờ tiếp tục phát triển dưới sự cai trị của La Mã cho đến khi Theodosius Đại đế, hoàng đế La Mã từ năm 379 đến năm 395, đã đóng cửa khu phức hợp vào thế kỷ thứ IV sau Công nguyên và nó không được sử dụng.
Địa điểm này đã thu hút các nhà sử học vì những nghi lễ và tín ngưỡng bí ẩn của nó. Nó được khai quật lần đầu tiên vào thế kỷ XIX. Trong thời gian này bức tượng Nike of Samothrace nổi tiếng đã được khai quật. Địa điểm hiện đã được UNESCO công nhận là Di sản Thế giới.
Khu bảo tồn nằm trên sườn núi Hagios Georgios và được xây dựng trên ba bậc thang khoét sâu vào núi. Lối vào thông qua một cánh cổng được xây dựng bởi Ptolemy II của Ai Cập và cây cầu này tạo ra một dòng chảy ngăn cách địa điểm.
Một chỗ lõm là tất cả những gì còn lại của một bàn thờ, nơi được cho rằng nó đã được hiến tế, nhưng không có bằng chứng cụ thể nào chứng minh cho lý thuyết đó.
Một con đường quanh co dẫn đến các di tích chính trong khu phức hợp và Arsinoë Rotunda, một cấu trúc tròn đã được sử dụng để chào đón các đại sứ và các vị vua, có thể là nơi nhiều lễ tế được thực hiện.
Tòa nhà lớn nhất trong khu phức hợp là Temenos. Sân với một cửa ngõ được trang trí bằng bức phù điêu vũ công nổi tiếng. Vai trò chính xác của nó vẫn chưa được biết.
Epopteion nằm trên sân thượng thứ hai được xây dựng theo một thiết kế khác thường và không phải của Hy Lạp. Đây là một phần của ngôi đền, là công trình quan trọng nhất của giáo phái. Mặt tiền được trang trí công phu nhưng không gian bên trong rộng lớn chứa một phần đỉnh là trái tim thiêng liêng của cấu trúc. Nó nằm gần một ngôi đền có thể dành cho nữ thần Hy Lạp Hera.
Có niên đại từ thời La Mã là Anaktoron, nơi những bí ẩn và nghi lễ bí mật của Samothrace được tiến hành. Một số tòa nhà chẳng hạn như tòa nhà Miletean, được cho xây dựng ở đây để dâng lên các vị thần. Ở phía đông của sân thượng thứ hai là một nhà hát nhỏ theo phong cách Hy Lạp, di tích của một pháo đài thời Byzantine.
