Tháng 9/2008, PVB mời sơ tuyển gói thầu TK05 "Chìa khoá trao tay" xây dựng nhà máy Ethanol Phú Thọ. Trong 6 nhà thầu gửi hồ sơ có Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T, do Tổng Công ty cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC) thành lập, do PVC không đáp ứng đủ yêu cầu.
Công ty cổ phần thiết kế Công nghiệp hoá chất (CECO) sau đó đánh giá cả 6 nhà thầu chưa đạt 100% tiêu chí về năng lực, kinh nghiệm. Trong đó, liên danh nhà thầu PVC/Alfa Laval/Delta-T chưa đạt các tiêu chí về năng lực kỹ thuật, tư vấn thiết kế, xây dựng; báo cáo tài chính năm 2006 thể hiện PVC đang thua lỗ.
Thực hiện chỉ đạo của ông Thăng về việc chỉ định thầu, PVB không tổ chức đấu giá theo kế hoạch mà chuyển sang chỉ định thầu cho liên danh của PVC. Quá trình thực hiện hợp đồng không đúng tiến độ, PVC có báo cáo thừa nhận không đủ năng lực. Tháng 3/2013, PVC đơn phương dừng thi công dự án, chưa có hạng mục nào hoàn thành.
Thực hiện dự án, PVB vay ngân hàng và Công ty tài chính Dầu khí Việt Nam hơn 750 tỷ đồng. Từ ngày triển khai dự án (tháng 9/2009) đến khi khởi tố vụ án (tháng 6/2018), PVB đã thanh toán cho PVC hơn 600 tỷ đồng, Alfa Laval hơn 230 tỷ đồng. Chủ đầu tư sử dụng hơn 1.400 tỷ đồng để thực hiện dự án.
Biết PVC chưa từng thực hiện dự án nào về ethanol và tình hình tài chính đang khó khăn, ông Thăng với vai trò Chủ tịch PVN, Trưởng ban chỉ đạo triển khai dự án, đã chủ trì nhiều cuộc họp, quyết liệt định hướng giao thầu cho PVC như đề nghị của bị can Thanh.
Trịnh Xuân Thanh biết rõ liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực thực hiện gói thầu nhưng vẫn nhận chỉ đạo từ lãnh đạo PVN để ký văn bản xin được chỉ định thầu. Cựu chủ tịch PVC này còn chủ trì cuộc họp HĐQT và Ban Tổng giám đốc PVC đồng ý thực hiện gói thầu; ký công văn gửi ông Thăng xin cam kết thực hiện gói thầu.
Hành vi làm trái các quy định của Thăng, Thanh và các bị can dẫn đến thiệt hại cho PVB hơn 543 tỷ đồng. Trong quá trình điều tra, ông Thăng thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác.
Ngoài sai phạm tại dự án Ethanol Phú Thọ, bị can Thanh còn bị cáo buộc thành lập Công ty PVC Kinh Bắc cùng bị can Đỗ Văn Hồng từ năm 2009. Ông Thanh sau đó bàn với Hồng về việc mua 3.400 m2 đất tại huyện Tam Đảo, Vĩnh Phúc của Công ty Metrimex bằng tiền tạm ứng cho thực hiện dự án của PVC.
Trịnh Xuân Thanh chỉ đạo cán bộ dưới quyền tại PVC cho PVC Kinh Bắc tạm ứng trái quy định 25 tỷ đồng. Tuy nhiên, để hợp thức việc cho vay tạm ứng và sử dụng tiền tạm ứng trái quy định, bị can Thanh và Hồng đã làm các thủ tục chuyển 21 tỷ đồng thành tiền góp vốn điều lệ của PVC tại PVC Kinh Bắc. Điều này trái quy định của Luật Doanh nghiệp 2005, gây thiệt hại cho PVC hơn 13 tỷ đồng.
