Tại kết luận điều tra vụ sai phạm mua sắm kit xét nghiệm Covid-19 của Công ty Việt Á, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố ông Nguyễn Văn Trịnh (cựu trợ lý Phó Thủ tướng) về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Trước đó, ông Trịnh bị khởi tố về tội danh trên. Tuy nhiên, cuối tháng 6, cơ quan điều tra quyết định thay đổi tội danh khởi tố đối với bị can này sang tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Đến ngày 14/8, Bộ Công an lại thay đổi tội danh điều tra đối với ông Trịnh thành Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Theo kết luận điều tra, ông Trịnh quen Phan Quốc Việt (Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc Công ty Việt Á) từ năm 2017 tại một buổi khai trương phòng khám tại TPHCM.
Ngày 13/2/2020, Việt nhắn tin cho Trịnh báo việc Công ty Việt Á đã phối hợp với Học viện Quân y nghiên cứu và sản xuất thử nghiệm thành công kit xét nghiệm Covid-19, chuẩn bị lập hồ sơ gửi Bộ Y tế xin cấp số đăng ký lưu hành. Việt nhờ ông Trịnh quan tâm, giúp đỡ Công ty Việt Á.
Ngày 14/2/2020, Nguyễn Huỳnh (thư ký cựu Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thanh Long) cùng Việt gặp ông Trịnh tại nhà của ông Trịnh ở quận Ba Đình (Hà Nội) để trao đổi về văn bản 465 của Bộ Y tế. Nội dung văn bản nêu: "Công ty TNHHH MTV Sinh hóa Phù Sa... mua sinh phẩm xét nghiệm...".
Tại nhà ông Trịnh, Việt nhờ trợ lý Phó Thủ tướng giúp để Bộ Y tế ban hành văn bản khác vì văn bản trên sẽ ảnh hưởng đến cơ hội bán kit test do Việt Á chuẩn bị sản xuất sau này. Trịnh đồng ý với Việt.
Tối 15/2/2020, Trịnh gửi email đề nghị làm rõ một số nội dung trong văn bản 465 và được một người tên Đức gửi lại bản mềm. Ông Trịnh sau đó chỉnh sửa, bỏ nội dung "Công ty TNHHH MTV Sinh hóa Phù Sa...". Ngày 18/2/2020, văn bản số 724 có nội dung đúng như Trịnh chỉnh sửa được ban hành, thay thế văn bản 465.
Theo kết luận điều tra, cũng trong buổi gặp tối 14/2/2020, ông Trịnh nói sẽ theo sát và chỉ đạo các bộ phận chuyên môn của Bộ Y tế trong việc Việt Á làm các thủ tục để cấp số đăng ký lưu hành. Ngoài ra, ông Trịnh cũng hướng dẫn Việt làm công văn đề nghị cấp số đăng ký lưu hành khẩn cấp cho kit xét nghiệm, gửi trước cho Trịnh để bị can này kiểm tra, duyệt nội dung trước khi gửi cho Bộ Y tế.
Đồng thời, ông Trịnh cũng nói Huỳnh kiểm tra và giới thiệu cho Việt đơn vị thuộc Bộ Y tế có chức năng kiểm định chất lượng sinh phẩm y tế để Việt liên hệ, thực hiện kiểm định chất lượng kit test phục vụ lập hồ sơ xin cấp số đăng ký lưu hành.
Trước khi Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành test xét nghiệm cho Công ty Việt Á, Trịnh gọi điện qua ứng dụng Viber cho Việt thông báo "đã chỉ đạo dưới chuyên môn rồi", có nghĩa là Trịnh đã tác động Nguyễn Minh Tuấn (Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị & Công trình y tế). Trên cơ sở đó, chiều 4/3/2020, Bộ Y tế đã cấp số đãng ký lưu hành kit xét nghiệm cho Công ty Việt Á.
Khoảng tháng 5/2020, Việt báo cáo Trịnh về việc Công ty Việt Á đã cung cấp kit test cho các đơn vị theo kết quả hiệp thương với Bộ Y tế, nhưng chưa được Bộ Y tế thanh toán tiền, dẫn đến công ty gặp khó khăn lớn về tài chính.
Việt nhờ ông Trịnh theo sát việc Bộ Y tế thanh toán tiền cho Việt Á và hỗ trợ giúp Việt sớm lấy được tiền. Sau đó, ông Trịnh đã can thiệp, tác động ông Nguyễn Nam Liên (Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế) để Việt Á được thanh toán khoảng 49 tỷ đồng tiền mua kit xét nghiệm bằng nguồn tài trợ của các ngân hàng cho Bộ Y tế.
Trong quá trình Công ty Việt Á sản xuất, tiêu thụ kit xét nghiệm, Phan Quốc Việt đã 2 lầnđưa ông Nguyễn Văn Trịnh tổng số tiền 200.000 USD.
Tại kết luận điều tra, Bộ Công an đề nghị truy tố 38 bị can. Trong đó, có 3 người từng là Ủy viên Trung ương Đảng.
Theo đó, ông Chu Ngọc Anh (cựu Bộ trưởng KH&CN) bị đề nghị truy tố tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí; ông Phạm Xuân Thăng (cựu Bí thư Tỉnh ủy Hải Dương) và ông Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Y tế) cùng bị đề nghị truy tố tội Nhận hối lộ.
Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc Công ty Việt Á Phan Quốc Việt bị nhà chức trách đề nghị truy tố về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng. 25 bị can khác cùng bị đề nghị truy tố về tội danh trên. Việt còn bị điều tra thêm tội Đưa hối lộ, với tổng số tiền hơn 106 tỷ đồng.