Ngày 31/8, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an ban hành kết luận điều tra vụ án "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị VKSND tối cao truy tố 20 bị can, trong đó có ông Đinh La Thăng, cựu Bộ trưởng Bộ Giao thông - Vận tải (GTVT); Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT; Đinh Ngọc Hệ (tức Út "trọc"), cựu Chủ tịch hội đồng quản trị, cựu Tổng giám đốc Công ty Thái Sơn cùng 17 bị can khác.
Ngoài 20 bị can bị xử lý hình sự, kết luận điều tra cũng nêu ra một số bút phê của ông Nguyễn Văn Thể vào thời điểm đó đang làm Thứ trưởng Bộ GTVT không đúng quy định.
Kết luận điều tra nêu: Theo quy định của Hợp đồng số 4746/CIPM-HĐ ngày 30/12/2013 (về thanh toán tiền mua phí), Công ty Yên Khánh phải thanh toán cho nhà đầu tư là Tổng Công ty Cửu Long (Bộ GTVT) 3 đợt, trong 10 tháng. Đợt 1 phải thanh toán trên 800 tỷ đồng, đợt 2 trên 601 tỷ đồng và đợt 3 là 601 tỷ đồng.
Quá trình quản lý việc thanh toán tiền trúng đấu giá, ngay khi Công ty Yên Khánh thanh toán không đúng hạn hợp đồng, Tổng Công ty Cửu Long đã có văn bản báo cáo Bộ GTVT và Bộ này có văn bản chỉ đạo, trong đó Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể ký 3 văn bản chỉ đạo đều không đề nghị chấm dứt trước hạn hợp đồng theo quy định, thu quyền thu phí.
Bộ trưởng GTVT Nguyễn Văn Thể bút phê nhiều văn bản liên quan vụ Út 'trọc'.
Cụ thể, vào ngày 31/8/2015 Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể ký văn bản số 11594/BGTVT-TC gửi Tổng Công ty Cửu Long, Công ty Yên Khánh (trả lời văn bản số 3304/CIPM-QLXD), nội dung chỉ đạo: Yêu cầu Công ty Yên Khánh căn cứ Thông báo kết luận của Bộ GTVT khẩn trương thực hiện thanh toán theo đúng tiến độ cam kết với Bộ GTVT; Giao Tổng Cty Cửu Long có trách nhiệm thanh toán và yêu cầu Công ty Yên Khánh thực hiện thành toán theo đúng cam kết.
Tiếp đến ngày 8/10/2015, ông Nguyễn Văn Thể ký tiếp văn bản có nội dung tương tự.
Ngoài các văn bản trên, khi Tổng Công ty Cửu Long có báo cáo đề xuất chấm dứt hợp đồng, Nguyễn Chí Thành đã tham mưu soạn thảo để trình Thứ trưởng Nguyễn Văn Thễ ký tờ trình ngày 22/6/2015, gửi Bộ trưởng Đinh La Thăng về tình hình thực hiện hợp đồng mua quyền thu phí cao tốc TP.HCM – Trung Lương, đề nghị chấm dứt hợp đồng chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương đối với công ty Yên Khánh.
Ngày 23/6/2015, ông Đinh La Thăng ghi ý kiến chỉ đạo phía trên, góc trái của Tờ trình: “Đề nghị anh Thể chỉ đạo giải quyết theo đúng hợp đồng của hai bến đã ký và đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên cũng cần làm rõ trách nhiệm của nhà đầu tư và các cơ quan nhà nước, Tổng Công ty Cửu Long”.
Ông Nguyễn Văn Thể ghi ý kiến chỉ đạo tiếp theo dưới bút phê của ông Đinh La Thăng: “'Gấp', yêu cầu Tổng Công ty Cửu Long, Vụ Tài chính, Pháp chế... làm việc lại với Công ty Yên Khánh thảo luận từng vấn đề cụ thể, có kết luận rõ ràng, dứt khoát (mới các bên liên quan cùng họp). Chậm nhất 30/6, làm rõ toàn bộ các vấn đề có liên quan theo chỉ đạo của Bộ trưởng.
Riêng đóng tiền: Phải nộp thêm 500 tỷ đồng theo cam kết trong tháng 6/2015”.
Sau đó, công ty Yên Khánh vẫn không nộp tiền theo cam kết nhưng vẫn không bị chấm dứt hợp đồng và đến ngày 30/3/2017, công ty Yên Khánh mới nộp đủ số tiền trúng đấu giá là hơn 2 tỷ đồng.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng mua, bán quyền thu phí, công ty Yên Khánh liên tục không thực hiện đúng quy định về thời hạn nộp tiền trúng đấu giá.
Để có lý do báo cáo sự chậm trễ và cấn trừ số tiền phải thanh toán, ngày 22/7/2014, Công ty Yên Khánh ký văn bản gửi Bộ GTVT, Tổng Công ty Cửu Long kiến nghị về việc giao Công ty Yên Khánh được chỉ định làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung 2 nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo – Chợ Đệm thuộc đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương, theo hình thức Hợp đồng BOT hoặc BOT kết hợp BT với khái toán sơ bộ tổng đầu tư 1.300 tỷ đồng.
Phương án hoàn vốn là kiến nghị tăng giá vé qua trạm thu phí cao tốc TP.HCM – Trung Lương và phần chi phí do Công ty Yên Khánh đầu tư 2 nút giao sẽ được khấu trừ vào số tiền Công ty Yên Khánh còn phải thanh toán của Hợp đồng 4746/CIPM-HĐ ký ngày 30/12/2013.
Việc cho dùng các trạm thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung lương để thực hiện thu phí hoàn vốn cho Dự án nằm ngoài đường cao tốc là trái quy định nhưng Đinh La Thăng vẫn ghi bút phê vào tờ trình: “Đồng ý, k/c anh Thể giải quyết (BOT)”. Ông Thể ghi tiếp bút phê: “Ban PPP n/c, đề xuất các vấn đề liên quan DA BOT này”.
Theo cơ quan điều tra, việc ông Nguyễn Văn Thể ký các văn bản chỉ đạo Tổng Công ty Cửu Long và chủ trì kết luận nhiều cuộc họp để chỉ đạo lập thủ tục phê duyệt dự án, ký văn bản gửi Bộ Tài chính kiến nghị thực hiện phương án tài chính, ký văn bản gửi Thủ tướng đề xuất chỉ định Công ty Yên Khánh làm nhà đầu tư, ký quyết định phê duyệt đề xuất dự án theo hình thức BOT là thực hiện không đúng quy định của pháp luật, hợp thức hóa các nội dung Công ty Yên Khánh đề xuất.
