Dự án lại tiếp tục vướng mắc nên tạm ngưng thi công từ giữa tháng 11/2020, thiệt hại hơn 45 tỷ đồng ở tháng đầu tiên. Trong khi đó, vấn đề đảm bảo an toàn đường thủy bị đùn đẩy.

Do dự án vướng mắc về tái cấp vốn nên nhà thầu rút bớt máy móc, thiết bị khỏi công trường cống Phú Xuân. Thiếu lực lượng bảo vệ nên công trường bị thất thoát 3.800 lít dầu.